Secretly Greatly kể về một nhóm điệp viên có tên gọi Bộ đội 5446 được các cơ quan quân đội đặc chủng của Bắc Triều Tiên huấn luyện từ khi còn nhỏ, hướng đến mục tiêu cao cả là thống nhất Triều Tiên. Họ bí mật thâm nhập vào Hàn Quốc, lần lượt cải trang thành một tên ngốc, một thực tập sinh nhạc rock và một cậu học sinh trung học. Sau khi trải qua thời gian dài nhàm chán mà không nhận được mệnh lệnh nào từ Bắc Triều Tiên, họ dần trở nên quen thuộc với cuộc sống của những người dân bình thường trong xóm nghèo. Cho đến một ngày kia, cuộc sống họ hằng mong ước bị đảo lộn khi cả ba đột ngột nhận được một nhiệm vụ "bí mật và vĩ đại". Nhiệm vụ bí mật và vĩ đại đó là gì?